Родился в семье купца еврейского происхождения. С 1892 года учился в Берлинском университете. Посещал также лекции в университетах Лейпцига, Гейдельберга, Мюнхена, Марбурга. Профессор (1919—1933) и ректор (1930—1933) Гамбургского университета. С 1933 года Кассирер был в эмиграции: в Оксфорде (Великобритания), в 1935—1941 в Гётеборге (Швеция), с 1941 годах — в США. В 1941—1944 годах преподавал в Йельском университете, затем в Колумбийском университете.
В начале своей деятельности занимался философскими проблемами естествознания. Разрабатывал теорию понятий, или «функций». После 1920 года создавал оригинальную философию культуры. Вслед за Г. Когеном и П. Наторпом Кассирер устранял из кантовской системы понятие «вещи в себе» как одного из двух (наряду с субъектом познания) факторов, созидающих мир «опыта». По Кассиреру, материал для построения «опыта» («многообразие») создаётся самой мыслью. Соответственно пространство и время перестают быть созерцаниями (как у Канта) и превращаются в понятия. Вместо кантовских двух миров, по Кассиреру, существует единый мир — «мир культуры». Идеи разума из регулятивных становятся, как и категории, конститутивными, то есть созидающими мир принципами. Кассирер называет их «символическими функциями», поскольку они представляют высшие ценности, связанные с «божественным» в человеке. Разнообразные сферы культуры, называемые Кассирером «символическими формами» (язык, миф, религия, искусство, наука), рассматриваются как самостоятельные образования, не сводимые друг к другу. Философия культуры Кассирера определяет и идеалистическое понимание им человека как «животного, созидающего символы».
Идеи Кассирера, прежде всего его учение о «символических формах», оказали определяющее влияние на исследования по истории культуры марбургской школы.
Автор историко-философских работ о Г. Лейбнице („Leibniz' System in seinen wissenschaftlichen Grundlagen“, 1902), И. Канте („Kants Leben und Lehre“, 1918), Р. Декарте, философии Возрождения („Individuum und Kosmos in der Philosophie der Renaissance“, 1927), Просвещении („Die Philosophie der Aufkl?rung“, 1932), работ о Гёте, Шиллере, Гёльдерлине, Клейсте.