Дебютировал в 1993 году.
Долгое время выступал в Аргентине, где чередовал поражения с победами.
В ноябре 1999 года вышел на ринг против непобежденного Джошуа Клотти. Балдомир уступал по очкам, однако в 11-м раунде Клотти за нарушения был дисквалифицирован.
В январе 2006 года Карлом Мануэль Балдомир встретился с абсолютным чемпионом в полусреднем весе Забом Джудой. На кону стоял только титул WBC, так как Балдомиру не хватило денег на санкционирование боя двуми другими организациями — WBA и IBF. В начале боя Джуда вел, но после середины боя доминировал Балдомир. По окончании боя единогласным решением судей победителем был объявлен Балдомир. На картах неофициальных судей телеканала Showtime после 11-го раунда победителем значился Заб Джуда. Тем не менее решение не было скандальным. Бой был признал апсетом года по версии журнала «Ринг». Из-за того что Джуда проиграл Балдомиру WBA лишила его своего пояса.
В июле 2006 года Балдомир вышел на ринг против популярного боксера-агрессора Артуро Гатти. В середине 9-го раунда Балдомир прижал в канатам Гатти и начал бомбить ударами. Аргентинец провел успешную серию хуков по челюсти. Последний удар — мощный левый хук — попал прямо в подбородок, и Гатти упал на настил. Канадец встал на счет 6. Балдомир тут же провел повторную атаку в голову. Гатти вновь упал. Рефери, видя обессиленного канадца, не стал открывать счет и остановил бой.
В ноябре 2006 года Балдомир встретился с Флойдом Мейвезером. Мейвезер имел подавляющее преимущество, и победил с разгромным счетом. После этого аргентинец поднялся в 1-й средний вес.
В июле 2007 года Балдомир в элиминаторе уступил Вернону Форресту.