В 1975 году закончил военный факультет Томского медицинского института по специальности «инфекционные заболевания и эпидемиология». С 1975 года работал в «Биопрепарате», при Совете Министров СССР, занимавшегося разработкой и испытаниями биологического оружия, ; с 1988 по 1992 — занимал должность первого заместителя начальника Главного управления «Биопрепарат». Являлся научным руководителем программ по разработке биологического оружия и биозащиты. Специалист в области иммунологии, биотехнологии, биохимического синтеза, а также острых и хронических инфекционных заболеваний.
В 1990 году, подготовил и направил Президенту СССР М. Горбачёву записку с предложением закрытия программы биологического оружия в СССР. После получения согласия, руководил ликвидацией этой программы в СССР (1990 - 1991гг.). В начале 1992 года уволился из управления из-за несогласия с продолжением незаконных разработок в области биологического оружия (разработка и применение биологического оружия запрещены во всём мире как самое негуманное оружие массового уничтожения). В конце 1992 года эмигрировал в США, где опубликовал книгу под названием «Biohazard»(соавтор — популярный журналист Стивен Хендельман). Российское издание «Biohazard» вышло в 2003 году под названием «Осторожно! Биологическое оружие!». Вокруг личности Кена Алибека продолжаются постоянные дискуссии - в США и в Европе, его считают одним из самых выдающихся людей, остановивших гонку биологических вооружений (с 2001 то 2006 годы - был в списке выдающихся исторических личностей по версии ВВС), а в военных кругах СССР - считали предателем, раскрывшим подготовку СССР к биологической войне.
Ради блага всего человечества мы взяли на себя задачу исключить возможность использования токсинов и бактериологических средств в качестве оружия. Мы совершенно убеждены, что это в корне противоречит всем моральным нормам, принятым в человеческом обществе, поэтому должно быть сделано все возможное и невозможное, чтобы такого никогда не случилось… [Из Конвенции о запрещении разработки, производства и накопления запасов бактериологического (биологического) и токсинного оружия и об их уничтожении]
Является одним из научных руководителей программы защиты США от биологического оружия и биологического терроризма. Опубликовал в США несколько книг по медицинской защите от биологического оружия и природных эпидемий. Консультирует Конгресс США по вопросам медицинской и технической защиты от естественных и "рукотворных" эпидемий. За уменьшение угрозы биологической войны и биологического терроризма в мире, награждён медалью Конгресса США "За выдающийся вклад в достижение мира". Разработал и опубликовал в США концепцию неспецифической иммунной защиты во время эпидемий, а также принципы "обратной вакцинологии" для создания синтетических вакцин с использованием компьютерного моделирования.
В настоящее время является президентом американской компании, разрабатывающей системы защиты от биологического оружия, профессор Университета Джорджа Мейсона, руководитель Национального центра биологической обороны США. Кроме того, занимается разработкой методов лечения поздних стадий онкологических заболеваний и преподавательской деятельностью. Опубликовал серию концептуальных статей о роли хронических инфекций в развитии онкологических заболеваний и других хронических патологий.