Дочь короля Кастилии Филиппа I и Хуаны Безумной, сестра императора Священной Римской империи Карла V. Также известна под именами Изабелла Бургундская, Изабелла Австрийская и Изабелла Кастильская.
11 июля 1514 года в отсутствие на церемонии самого жениха вышла замуж за датского короля Кристиана II. Вместо жениха на бракосочетании был её дедушка, император Максимилиан I. Год спустя прибыл архиепископ Норвегии, чтобы сопроводить её в Копенгаген. 12 августа 1515 года был заключён официальный брак.
Изабеллу короновали и дали имя Елизавета (дат. Elisabet). Первый год брака отношения между семьёй Изабеллы и королём Кристианом II были весьма прохладные. Любовница короля Дивике (дочь голландской мещанки Сигбритты, дат. Dyveke Sigbritsdatter) была с ним в отношениях с 1507 года, и он не собирался бросать её из-за малолетней жены.
Разгневанный император начал было дипломатическую борьбу с Кристианом II, но вопрос решился сам собой в 1517 году, когда Дивике умерла (вероятно, была отравлена). В следующие годы отношения Изабеллы с мужем значительно улучшились.
Изабелла родила троих детей:
В немалой степени благодаря ходатайству королевы Изабеллы Датской, из Дилингенской тюрьмы был освобождён Иоганн-Каспар Аквила, ближайший соратник Мартина Лютера, который был посажен туда по указанию епископа аугсбургского.
Когда Кристиан II был свергнут в 1523 году дворянами, поддерживавшими его дядю Фредерика, новый король решил сохранить хорошие отношения с семьёй Изабеллы. Он лично написал письмо в Германию, предложив ей пенсию как вдовствующей королеве и разрешил остаться в Дании под его защитой, в то время как Кристиан II бежал в Голландию.
Однако Изабелла послала ему ответное письмо, начинавшееся словами «ubi rex meus, ibi regna mea» (лат. «где мой король, там моё королевство»). Она покинула Данию вместе с мужем и детьми. Изабелла умерла в возрасте 24 лет.