Родился 29 августа 1847 года в Гомельском уезде Могилевской губернии. Учился в черниговской и могилевской гимназиях. Окончил в 1868 году юридический факультет Императорского Санкт-Петербургского университета. Оставленный при университете для подготовке к профессорскому званию, с 1868 по 1871 год И. Я. Фойницкий читал курс уголовного права в Аудиторском училище (впоследствии преобразовано в Военно-Юридическую Академию), в 1871 г. после защиты магистерской диссертации: «Мошенничество по русскому праву» (сравнительно-догматическое исследование, Санкт-Петербург).
В 1873 году открыл в Санкт-Петербургском университете два курса: общий, уголовного права, для студентов административного разряда, и специальный, по тюрьмоведению, для всех студентов юридического факультета.
Для учреждённого в 1877 году юридического общества при Санкт-Петербургском университете, Фойницкий составил проект устава. В трудах этого общества Иван Яковлевич принимал постоянное участие, неоднократно занимал в обществе должности секретаря совета, члена совета, товарища председателя и председателя уголовного отделения. По его почину, при обществе перед международными пенитенциарными конгрессами Петербургскими и Парижскими были образованы комиссии, председателем которых он был, и которые представили конгрессам свои труды. В 1873 году читал курс уголовного судопроизводства в Императорском училище правоведения и курс энциклопедии права в Императорском Александровском лицее; тогда же был приглашен Министерством юстиции к участию в издании свода статистических сведений по делам уголовным. Все эти занятия он вскоре оставил, приняв в 1876 году должность товарища обер-прокурора Уголовного кассационного департамента Правительствующего сената.
В 1881 году получил степень доктора уголовного права за диссертацию: «Ссылка на Западе в ее историческом развитии и современном состоянии» и утверждён профессором по кафедре уголовного права в Санкт-Петербургском университете; с мая 1896 года состоял в звании заслуженного ординарного профессора. С 20 декабря 1897 года утверждён в должности декана юридического факультета. С июня 1901 года, за выслугой тридцати лет, стал профессором вне штата, но фактически продолжал занимать кафедру уголовного права и процесса до начала 1913 года, когда его место занял по назначению его бывший ученик, профессор Томского университета Н. Н. Розин. Иван Яковлевич Фойницкий объявил тогда о параллельным с ним курсе уголовного судопроизводства и читал его до дня смерти.
Иван Яковлевич Фойницкий скончался 19 сентября 1913 года и был похоронен на Новодевичьем кладбище.