Присоединился к Пугачёву при его появлении под Оренбургом в октябре 1773 года. Во главе казацко-башкирского отряда овладел Табынском, Стерлитамакской пристанью и окрестными заводами, а затем осадил Уфу. С 14 декабря руководство осадой Уфы перешло к Чике-Зарубину, совместно с которым Губанов предпринимал несколько попыток штурма города. 24 марта 1774 года восставшие потерпели поражение от сводного отряда правительственных войск под командованием И.И.Михельсона. Губанов вместе с Зарубиным был пленён под Табынском 26 марта. Казнён в октябре 1774 года по приговору Казанской секретной следственной комиссии.