В 1601 году сослан в Пелым, где его вместе с братом Василием держали прикованными к стене цепями. В 1602 году переведён в Нижний Новгород; вскоре возвращён в Москву. В день коронации Лжедимитрия I сделан боярином. В 1606—1607 годах был воеводой в Козельске и победил на берегах реки Вырки (1607) князя Масальского, сторонника Лжедимитрия II. Входил в Семибоярщину.
На избирательном соборе 1613 года Иван Никитич (как и вся боярская партия) поддерживал кандидатуру шведского принца Карла Филиппа, и когда казаки выдвинули его племянника Михаила, он ответил им: «Тот есть князь Михайло Федорович еще млад и не в полне разуме». Эти слова дорого ему обошлись: будучи одним из богатейших людей и занимая самое почетное место при дворе, Иван Никитич был вместе с тем совершенно отстранен от государственных дел.
Иван Никитич был женат на Ульяне Фёдоровне (ум.1650). У супругов родились:
Со смертью бездетного боярина Никиты Ивановича в 1654 году все боковые ветви Романовых, кроме потомства Михаила Фёдоровича, пресеклись.