Существует несколько мнений о национальной принадлежности Яна Черского.
Широко распространено мнение о польском происхождении Яна Черского. Об этом говорят такие авторитетные источники, как Большая Советская Энциклопедия, Большой энциклопедический словарь, некоторые зарубежные и иные издания. Нельзя при этом не отметить, что сведения из разных источников зачастую противоречат друг другу в деталях: указываются разные годы и числа рождения, места рождения, отчества. Ни в одном из приведённых источников не содержится сведений, доказывающих польское происхождение Ивана Черского. Основной критерий определения Ивана Черского как поляка - католическое вероисповедание - деление населения по религиозному признаку на поляков-католиков и русских-православных достаточно характерно для того периода.
Ряд учёных, занимавшихся изучением биографии Ивана Черского, аргументированно называют его белорусом по происхождению. Так, например, В. А. Ермоленко, основываясь на переписке Черского, не только приводит свидетельство того, что белорусский язык был для учёного родным, но также и делает попытку объяснить, откуда пошёл стереотип о польском происхождении учёного:
Белорусское происхождение Черского подтверждается его родословной, прослеженной до XVIII века Её изучением занимался другой исследователь, В. Пашкевич:
Обширное описание жизни и исследовательской работы Яна Черского составил кандидат географических наук, доцент П. А. Лярский. В своей работе он называет Черского «чистокровным белорусом» и «выдающимся белорусом».
Белорусом называет учёного и Н. Сосновская, директор музея имени И. Д. Черского в деревне Валынцы Верхнедвинского района, поблизости от места рождения учёного. На месте ныне разрушенного имения Свольна установлена памятная табличка, в тексте которой Ян Черский назван «выдающимся сыном земли белорусской».
Существует также ряд опубликованных в СМИ статей, посвящёных учёному, как, например, работа Л. Рублевской в газете «Беларусь сегодня», и работа зам. декана географического факультета БГУ М. Брилевского в газете «Туризм и отдых».
В некоторых источниках Ян Черский фигурирует как литовец или литвин, и даже приводится литовская транскрипция его имени (Janis ?erskis). Однако, произошло это, вероятно, из-за ошибочного отождествления литвинов с этническими литовцами и проблемы соотнесения исторической Литвы с территорией современной Республики Беларусь.
Сведения о жизни Яна Черского на родине достаточно скудны и обрывочны.
Будущий учёный родился 3 мая 1845 года, при крещении получил имя Яна Станислава Франтишка . В возрасте 10 лет потерял отца. По свидетельству Б. Дыбовского, после смерти отца воспитанием Яна и его старшей сестры Михалины занималась мать. Она обеспечила Яну хорошее домашнее образование, хотя заботилась в основном о «салонном» воспитании — обучении танцам, музыке и пр. По данным В. Ермоленко, перед поступлением в Виленскую гимназию Черский владел четырьмя иностранными языками — французским, немецким, английским и латынью, а по данным Национальной Библиотеки Беларуси он также играл на фортепиано и хорошо рисовал. С 1860 года Черский продолжает образование в Правительственном (Шляхетском) институте в Вильно.
Ещё меньше данных сохранилось о повстанческой деятельности Яна Черского. Л. Рублевская приводит сведения, что Черский находился в партизанском отряде, возглавляемом непосредственно Кастусём Калиновским, предводителем восстания на территории Беларуси. В отряде он пробыл лишь около четырёх недель, а затем был взят в плен. Витебским военно-полевым судом он был осуждён на бессрочную рекрутскую службу в Сибири с конфискацией имущества и лишением дворянского звания.
В. Ермоленко сообщает, что по решению трибунала Черскому предстояло служить в Благовещенске, в Амурском линейном батальоне. Но, проходя через Тобольск, Ян Черский смог откупиться от перехода взяткой в размере пяти золотых монет, которые хранил «на чёрный день». Его направили отбывать службу в Омске, в Западносибирском линейном батальоне.
По пути в Омск Черский знакомится с известным естествоиспытателем А. Л. Чекановским, Чекановский привил ему интерес к изучению природы и сбору различных коллекций. Благодаря хорошему образованию, Черского в скором времени перевели в офицерское собрание на должность денщика. Теперь он много времени проводит в библиотеке. Знакомится с известными географами Г. Н. Потаниным и А. Ф. Миддендорфом, собирает богатую коллекцию ископаемых раковин.
Б. Дыбовский подробно рассказывает о попытках Черского и иных ссыльных получить разрешение вернуться на родину. Когда в разрешении было отказано, Черский предпринимает попытку получить разрешение на поступление в Казанский университет, но также получает отказ. К 1869 году, в связи с ухудшением состояния здоровья, Ян Черский получает увольнение со службы. Ещё два года он живёт в Омске, зарабатывая на жизнь уроками, а в 1871 году, благодаря поддержке Миддендорфа, получает приглашение работать в Иркутске, в Восточно-сибирском отделе Русского географического общества.
Лишённому правильной научной подготовки Черскому пришлось самоучкой восполнить пробелы своего образования в крайне неблагоприятных условиях. Уже в Омске, в казармах, он урывками, но страстно и неутомимо, учился, найдя поддержку и руководство в некоторых окружающих. Более систематично пошли научные занятия Черского в Иркутске, благодаря руководству двух выдающихся польских натуралистов Дыбовского и Чекановского. В изданиях Восточно-Сибирского отделения Императорского русского географического общества, а затем и Академии наук, за время пребывания Черского в Иркутске, помещен ряд самостоятельных работ Черского по геологии Сибири и по остеологии современных и вымерших позвоночных животных Сибири; работы эти поставили Черского в ряды весьма сведущих, опытных остеологов. Появление наиболее важных трудов Черского относится к петербургскому периоду его деятельности. В 1886 году появился его «Отчет» о геологическом исследовании береговой полосы озера Байкал, с детальной геологической картой; в 1888 году — геологическое исследование Сибирского почтового тракта от озера Байкал до восточного склона Урала, а в 1891 году объемистое «Описание коллекций послетретичных млекопитающих, собранных Ново-Сибирской экспедицией», представляющее полную остеологическую монографию остатков послетретичных млекопитающих не только Ново-Сибирских островов, но и всей Сибири.
Основные экспедиции, совершённые Черским: