Прославлен в лике святых Архиерейским Собором Русской Православной Церкви в 1994 году.
Родился в семье сельского священника. Окончил Рязанскую духовную семинарию (1891 год), Санкт-Петербургскую духовную академию (1895 год) со степенью кандидата богословия.
В соответствии с его давним желанием был направлен на миссионерское служение в Алеутскую и Аляскинскую епархию (в юрисдикции российского Святейшего Синода). 27 августа 1895 года рукоположен во священника епископом Алеутским и Аляскинским Николаем (Зиоровым).
С 6 мая 1906 года — протоиерей.
В августе 1907 года — ноябре 1916 года — сверхштатный священник Преображенского собора в Нарве, одновременно с июля 1909 года по ноябрь 1916 года — священник церкви Казанской иконы Божией Матери в Силламяэ. Был также законоучителем нарвских мужской и женской гимназий. С ноября 1916 года — второй священник в Екатерининском соборе Царского Села.
В конце октября (ст. ст.) 1917 года Царское Село стало местом противостояния большевистской Красной гвардии и казачьих войск, продолжавших поддерживать свергнутого главу Временного правительства А. Ф. Керенского.
30 октября 1917 года во время артиллерийского обстрела Царского Села большевиками, о. Иоанн участвовал в крестном ходе с особыми молитвами о прекращении междоусобной брани, во время которого произнёс проповедь, призывая народ к спокойствию. 31 октября (ст. ст.) 1917 года отряды большевиков вступили в Царское Село, и священники были арестованы. Отец Иоанн пытался протестовать, но получил несколько ударов по лицу, был отведён на царскосельский аэродром и там расстрелян на глазах своего сына-гимназиста.
Американский журналист Джон Рид в своей книге «Десять дней, которые потрясли весь мир» писал:
В приложении к своей книге он же писал:
По просьбе прихожан, 4 ноября был погребён в усыпальнице под Екатерининским собором (взорван в 1939 году).
Был канонизирован как священномученик в 1994 году Архиерейским Собором РПЦ.
В 1995 году рядом с местом погребения был установлен поклонный крест (обновлен в 2002 году)
В результате археологических раскопок на месте Екатерининского собора в 2006 году были обнаружены фрагменты человеческих костей, о чём, как об обретении мощей священномученика Иоанна, было объявлено в день празднования памяти святого — 13 ноября 2008 года, — когда останки, до того хранившиеся в алтаре Софийского собора в Пушкине, были вынесены для поклонения. Генетическая экспертиза останков не проводилась.