Карьеру футболиста начал в 1998 году, став нападающим клуба первого дивизиона Малави — ФК «Уэлфэйр» (Дедза). В 1999 году стал профессиональным футболистом и подписал контракт с клубом малавийской Премьер-лиги «Дваско» (Нкота Кота), в 2003 перебрался в более сильный чемпионат ЮАР, где играл за команду «Джомо Космос» из Йоханнесбурга. В составе национальной сборной дебютировал в 2000 году. В 2001 и 2002 году стал лучшим футболистом Малави (причём в 2002 Исо был признан самым популярным человеком в Малави). В 2003 году Исо Каньенда отправился в Россию и начал играть в российской Премьер-лиге, хотя у Каньенды так же был вариант с марсельским «Олимпиком». Исо стал первым малавийским игроком в российском чемпионате. 30 июня 2003 года сыграл за сборную легионеров чемпионата России. Два сезона он выступал за «Ростов», провёл за эту команду 64 матча и забил 11 голов. В 2005 году перешёл в московский «Локомотив», в результате обмена «Ростовом» его на Михаила Ашветию. Закрепиться в составе «железнодорожников» Исо не сумел, проведя лишь три матча в Премьер-лиге. В 2006 году стал олимпийским послом города Сочи как одного из кандидатов на проведение Зимних Олимпийских игр 2014 года. В 2006—2007 годах Каньенда вновь выступал за «Ростов» на правах аренды. В 2008 году был отдан в аренду в «КАМАЗ». Исо сыграл за клуб в 44-х матчах и забил 9 мячей. В 2010 году малавиец вновь сменил клуб, и вновь не уехал из России: Каньенда перешёл в «Ротор». В конце 2010 года Исо подписал контракт с южноафриканским клубом «Морока Свэллоуз». С апреля 2011 года выступает за брянское «Динамо» в ФНЛ.
Жена Квин и три сына: Натан, Уэйн и Уево, живут в Малави.