Жизнь Исидора Юрьевского была описана священником Василием (в иночестве Варлаамом) в XVI веке. Согласно ему, в 1472 году священник русской церкви в гор. Юрьеве Исидор в праздник Богоявления во время освящения воды на реке Омовже по приказу местного католического епископа был схвачен и заключен в тюрьму. С ним были арестованы 72 прихожанина его церкви. Их принуждали отречься от православия, но они отказывались. В тюрьме Исидор причастил всех бывших с ним, после чего все они были казнены. Они были утоплены в реке Омовже, в том месте, где Исидор освящал воду в день Богоявления.
В весенний разлив тела погибших были найдены на берегу в трёх верстах от города выше по течению и с погребены в Никольской церкви в Юрьеве.
16 мая 1896 года в Валке неподалеку от Тарту в честь этих погибших был заложен храм. В том же году была составлена специальная служба юрьевским мученикам, в канун их памяти совершается торжественное всенощное бдение, а 8 января — праздничная литургия.
В Санкт-Петербурге в начале XX века была построена Свято-Исидоровская церковь, верхний храм которой освящён в его честь.