По национальности — татарин. Получив среднее образование, с 1921 г. продолжает учёбу в Коммунистическом университете народов Востока. Год спустя поступает в Московский университет на факультет международных отношений и оканчивает его в 1930 г. Поступает на работу в органы государственной безопасности. В 1930—1931 годах участвует в борьбе с басмачеством в Бухарской республике.
В 1932 году Ахмеров переводится в ИНО ОГПУ (внешнюю разведку) и после непродолжительной стажировки в Народном комиссариате иностранных дел направляется в Турцию, затем в Китай. В 1935 году направляется на нелегальную работу в США, где незадолго до этого погиб при невыясненных обстоятельствах резидент нелегальной разведки. Ему удаётся быстро легализоваться и приступить к разведывательной работе. Он вербует ряд агентов в госдепартаменте, министерстве финансов, спецслужбах, от которых в Москву начинает поступать важная информация.
В 1942—1945 годах Ахмеров возглавляет нелегальную резидентуру в США. После 12-летнего пребывания за рубежом на нелегальной работе в 1945 году возвращается в СССР. Кроме русского и татарского языков, Ахмеров свободно владел турецким, английским и французским языками.
За выполнение специальных заданий по линии нелегальной разведки полковник Ахмеров награждён двумя орденами Красного Знамени, орденом «Знак почета» и многими медалями. Ему был также вручен нагрудный знак «Почетный чекист».
7 апреля 2011 года состоялось торжественное открытие мемориальной доски в честь 110-летия со дня рождения легендарного советского разведчика Ахмерова Исхака Абдуловича.