В 1972 году окончил Оренбургский государственный педагогический институт им. В.П. Чкалова по специальности «Математика».
С 1973 года — преподаватель СПТУ-62 села Шарлык Оренбургской области, с 1981 года — учитель математики средней школы № 2 села Шарлык. В 1984 году переезжает в Оренбург, директор школы-интерната № 1.
С 1989 года на государственной службе — заведующий отделом районного образования Промышленного района г. Оренбург, с 1992 года — заместитель начальника Главного управления образованием Администрации Оренбургской области. В 1996—2002 гг. начальник Главного управления образованием Администрации Оренбургской области. Активно продвигал информационные технологии в учебный и управленческий процесс в системе образования Оренбургской области. Существенно улучшил систему переподготовки учителей области. Кардинально изменил работу ИУУ ныне ОИПКРО с внедрением информационных технологий.
В 1998 году окончил Российскую академию государственной службы при Президенте РФ по специальности «Государственное и муниципальное управление». В 1999 году защитил кандидатскую диссертацию по вопросам развития региональной системы образования.
В 2002—2004 гг. — заместитель генерального директора ФГУП Издательство «Просвещение». С 2004 года — Директор Департамента государственной политики в сфере образования Министерства образования и науки Российской Федерации. С 11 сентября 2007 года заместитель Министра образования и науки Российской Федерации. С 10 ноября 2010 г. Указом Мэра назначен министром Правительства Москвы, руководителем департамента образования г. Москвы.
Критически относится к проблеме стандартизации образования:
В 2009 году возглавлял рабочую группу Минобрнауки России, которая отслеживала вопросы, связанные со сдачей ЕГЭ и поступлением в вузы.
Исаак Калина, как отмечает украинский ресурс seychas.com.ua, известен «активным внедрением в школах учебника по истории РФ под редакцией Александра Филиппова. В нем школьникам рассказывается об Иосифе Сталине как эффективном менеджере XX столетия, а репрессии граждан называются „издержками“.»
Исаак Калина в феврале 2012 г. стал объектом внимания интернет-сообщества после истории с организацией митинга в поддержку В. В. Путина на Поклонной горе.