Сочинения Иринея против гностиков имеют большое значение и особенный авторитет в истории христианских догматов по своей древности и особенно по причине близости его к Поликарпу, непосредственному ученику апостолов. В своих трудах он подчёркивает важность следования апостольской традиции и каноническим новозаветным текстам; призывает не пренебрегать и «еврейской Библией». Когда папа Виктор вздумал отлучить от церкви малоазийских епископов по причине празднования ими Пасхи в один день с песахом, Ириней выступил в их защиту, указывая, что расхождения по формальным пунктам не должны ставить под угрозу единство Церкви.
Из сочинений Иринея известны по отрывкам и упоминаниям у древних историков «Послание к Флорину о единоначалии или о том, что Бог не есть виновник зла»; «Об осмерице» — о первых восьми эонах, которые еретик Валентин признавал источником всего сущего; «Послание к папе Виктору», по поводу ереси валентиниан; «Послание к нему же о времени празднования Пасхи»; «Против еллинов»; «О познании»; «Изложение проповеди апостольской» (то есть главных пунктов христианской веры); «Книга разных рассуждений».
В полном составе, хотя и не в греческом подлиннике, а в древнем, известном ещё Тертуллиану, латинском переводе сохранилось главное, особенно важное для истории развития христианской мысли сочинение Иринея «Пять книг против ересей». Оно было издано в первый раз Эразмом Роттердамским, в 1526 г. В этой своей книге Ириней даёт самое полное сохранившееся описание гностицизма и учения Маркиона, в противовес которым он утверждает действительность апостольской традиции и приводит перечни епископов, начиная с самых апостолов, подчёркивая, что среди последних не было ни одного гностика.
Ириней Лионский, пожалуй, самый ранний из отцов церкви, тщательно разрабатывавший мариологию. Ириней напрямую связывает домостроительство нашего спасения с ролью Девы Марии:
Согласно Иринею, через Деву Марию показано новое рождение для того, чтобы через это рождение мы наследовали жизнь (Против ересей. V.1.3). В качестве Матери Нового Человека, Дева Мария предвосхищает всеобщее обновление. По Иринею, в этом Она возглавляет человеческий род.