Сифакис родился в 1946 году в Ираклионе, административном центре греческого острова Крита. Получил электротехническое образование в Афинском национальном техническом университете, затем переехал во Францию, где учился на факультете информатики университета Жозефа Фурье, получая стипендию, и приобрёл степень доктора наук. В 1976 году принял французское гражданство. В настоящее время Сифакис работает в исследовательской лаборатории VERIMAG при Национальном центре научных исследований Франции недалеко от Гренобля, которую он основал и которой руководил с 1993 по 2006 год.
Награждён в 2007 году вместе с Эдмундом Кларком и Аллен?ом Эмерсоном премией Тьюринга за вклад в развитие теории проверки моделей.