Сын курфюрста Максимилиана II и его первой жены Марии Антонии, дочери императора Леопольда I и Маргариты Терезы. Оба его родных брата также умерли в детстве. Его младший единокровный брат Карл (сын Максимилиана II от второго брака) впоследствии стал императором Священной Римской империи Карлом VII.
Перед началом Войны за испанское наследство Иосиф Фердинанд был фаворитом Англии и Голландии в борьбе за испанский престол. В 1698 году Карл II назвал его своим наследником. Таким образом Иосиф Фердинанд мог стать не только курфюрстом Баварии, но также королем Испании, включая ее огромные заморские владения и осуществить амбиционные мечты своего отца по возвеличиванию династии Виттельсбахов.
Его неожиданная смерть в возрасте шести лет от оспы сделала недействительным англо-французский договор о разделе Испании и привела 2 марта 1700 года ко второму договору между Францией, Англией и Голландией. По нему Филипп Анжуйский получал Неаполь, Сицилию и Милан, а остальные испанские владения отходили к Карлу, сыну Леопольда I. Леопольд не принял условия договора, и Людовик XIV нарушил соглашение, приведя к власти в Испании своего внука Филиппа Анжуйского (Филиппа V).
Иосиф Фердинанд умер в Брюсселе, так и не побывав в Испании; похоронен в брюссельском кафедральном соборе Св. Михаила.