Иоганна Луиза Хойссер родилась в сельском районе Гирцель в Швейцарии. Ещё ребёнком провела несколько лет в районе Чар в Граубюндене. Воспоминания об этих местах она будет позже использовать в своих произведениях.
В 1852 году Иоганна вышла замуж за адвоката Бернарда Шпири. Проживая в Цюрихе, она начала писать о жизни в стране. Её первая книга «Листик на могиле Врони» была опубликована в 1871 году. В последующие годы появились другие истории как для детей, так и для взрослых, и среди них рассказ о Хайди, который получил незамедлительный и долгий успех. В нём повествуется о маленькой девочке Хайди, которая живёт со своим дедушкой в горах Швейцарии. История девушки-сироты привлекательна не только яркими описаниями ландшафта, но и пониманием того, как дети видят жизнь и проявляют свои чувства. Рассказ «Хайди» принадлежит к шедеврам мировой детской классики. Впервые он был опубликован в 1880 г., мгновенно получил известность и выдержал тринадцать изданий за десять лет. В 1884 г. он был переведён на английский язык, глубоко взволновав читателей как в Великобритании, так и в Америке.
Муж Иоганны и её единственный ребенок, сын по имени Бернард, оба умерли в 1884 году. Одинокая, она посвятила себя благотворительной деятельности и написаию более пятидесяти рассказов вплоть до своей смерти в 1901 году. Она погребена на семейном участке кладбища в Цюрихе, Швейцария. Портрет Иоганны Шпири был помещён на почтовой марке в 1951 году и на 20-франковой памятной монете в 2001 году.