Впервые обратил на себя внимание сочинением: «Gemeinn?tzige Naturgeschichte Deutschlands» (4 тома, Лейпциг, 1789—1795; 2-е изд., 1801—1809).
Так как предложенный им в 1791 году герцогу Готскому план учебного заведения для преподавания лесоведения не был принят, то он в 1794 году сам основал такое учебное заведение в имении Кемнат близ Вальтерсгаузена. В то же время он основал лесное и охотничье общество, которое издавало свои записки (Annalen) и журнал «Диана». Несмотря на то, что учебное заведение его было прекрасно организовано, Бехштейн не мог получить от правительства никакой поддержки для него и потому принял предложение занять место директора во вновь устроенной Мейнингенской лесной академии. Среди предметов его интереса была и аквариумистика. Бехштейн держал в научных целях большое количество рыб и земноводных.
Из его многочисленных сочинений заслуживают особенного внимания: