Иоганн был четвёртым сыном Франца Иосифа I. В 22 года он выбрал военную карьеру, и вступил в армию, став лейтенантом кирасирского полка. Во время войны Австрии с Турцией в 1787—1791 годах он сделал быструю карьеру, став майором, подполковником, а затем и полковником. Он проявил себя как хороший офицер-кавалерист, и в 1790 году был награждён военным орденом Марии Терезии.
Во время войны Первой коалиции Иоганн возглавил отряд в 2.000 кавалеристов во время «необычайно эффективной кавалерийской атаки» под Авен-ле-Се 12 сентября 1793 года. В ходе этой битвы он разбил семитысячное французское войско, убив и ранив 2.000 человек, а также взяв 2.000 человек пленными и захватив 20 пушек, в то время как его люди потеряли лишь 69 человек. Также он принимал участие во многих других сражениях, и вскоре был произведён в генерал-майоры. В июне 1794 года он принял участие в битве при Флерюсе. 3 сентября 1796 года в битве при Вюрцбурге он командовал смешанной пехотно-кавалерийской бригадой в составе дивизии Антона Стараи. После этой битвы он был удостоен командорской степени военного ордена Марии Терезии.
Во время войны Второй коалиции Иоганн командовал австрийским резервом в битве при Треббии. В августе 1799 года он был повышен в звании до генерал-лейтенанта. В ноябре-декабре Иоганн командовал отрядом в 8.000 человек во время успешной осады Кунео. 3 декабря 1800 года он командовал кавалерийской дивизией численностью 5.109 человек во время битвы при Гогенлиндене.
Иоганн отличился во время войны Третьей коалиции. В битве под Аустерлицем он командовал кавалерией 5-й колонны. Его войска сражались хорошо, хотя и не смогли спасти австро-русскую армию от сокрушительного поражения. После этого он принимал участие в переговорах с Наполеоном, итогом которых стал Пресбургский мир. В 1808 году Иоганн получил звание генерала кавалерии.
Во время войны Пятой коалиции Иоганн командовал 1-м резервным корпусом армии эрцгерцога Карла. Он командовал кавалерией и гренадерами в Экмюльской битве 22 апреля 1809 года, Асперн-Эсслингской битве 21-22 мая 1809 года и Ваграмской битве 5-6 июля 1809 года. Иоганн взял на себя командование основной армией после отставки эрцгерцога Карла и сохранял командование до конца года. В сентябре император Франц II произвёл его в фельдмаршалы. Именно Иоганн подписал Шёнбруннский мир от имени Австрии. После этого Иоганн был обвинён в нехватке дипломатических навыков, и в 1810 году ушёл в отставку.
3 октября 1813 года российский император Александр I пожаловал князю Лихтенштейну орден св. Георгия 3-й степени (№ 329 по кавалерским спискам).
В качестве князя Лихтенштейна Иоганн проводил прогрессивные реформы, но в то же время придерживался абсолютистского стиля правления. В 1818 году он даровал стране конституцию, хотя и ограниченную. Он поощрял сельское хозяйство и лесоводство, и радикально реформировал свою администрацию, пытаясь соответствовать требованиям современного государства.
В 1806 году Наполеон включил Лихтенштейн в Рейнский союз, сделав его независимым государством. Венский конгресс сохранил независимость Лихтенштейна. В 1815 году Лихтенштейн стал членом Германского союза.
В 1806 году Иоганн стал 869-м рыцарем австрийского Ордена Золотого руна.
12 апреля 1792 года Иоганн Лихтенштейн женился в Вене на Марии Йозефе Софье, ландграфине цу Фюрстенберг-Вейтра, даме имперского двора и даме Ордена Звёздный крест. У них было 15 детей: