С 1479 года управлял Бранденбургской маркой за своего отца Альбрехта Ахилла. В 1486 году, после смерти отца стал курфюрстом.
Враг рискованной политики, Иоганн склонил на свою сторону враждебные отцу сословия строгим соблюдением законности и подавлением самоуправства рыцарей. В 1495 году принимал живое участие в реформах Вормсского рейхстага. Прозвище Цицерон (лат. Cicero Germanicus) он получил за прекрасное знание латинского языка и любовь к гуманитарным наукам.
Иоганн первым из Гогенцоллернов выбрал Берлин своей резиденцией.
Иоганн умер в замке Арне и был погребён в монастыре Ленин. По инициативе его внука Иоахима II прах Иоганна вместе с надгробием (скульптор Ханс Фишер) перенесён в Берлинский собор.
В браке с Маргаритой Саксонской родились: