Спикс родился в Хёхштадте на Айше седьмым из 11 детей. С 2004 года в его родном доме размещён маленький музей. О его детстве известно мало. Он изучал философию в Бамберге и получил учёную степень. В Вюрцбурге он изучал теологию, однако под влиянием Фридриха Шеллинга бросил учёбу и занялся изучением медицины и естественных наук. Он получил второй раз учёную степень. Во время перехода он работал врачом в Бамберге.
Спикс был приглашён в Мюнхен, вероятно при содействии Шеллинга, который в то время при графе Монтгеле реформировал Баварскую академию в Мюнхене. Король Баварии Максимилиан I предоставил ему стипендию, чтобы он в Париже изучил современные методы зоологии. Спикс воспользовался случаем, совершить морские биологические экскурсии и первые научные исследования.
В 1810 году Спикс был приглашён в качестве адъюнкта, а в 1811 году в качестве хранителя отныне самостоятельной зоологической коллекции в Мюнхене, получив задание упорядочить её по-новому согласно научным точкам зрения и расширить. Государственная Зоологическая коллекция Мюнхена вернулась к своему назначению. Появившееся в 1811 году обширное произведение об истории и основах зоологической систематики принесло ему всеобщее научное признание. В 1813 году он назначен членом Баварской Академии Наук.
Иоганн Баптист Риттер фон Спикс присоединился в 1817 году к австрийской экспедиции в Бразилию, путешествуя с молодым ботаником Карлом Фридрихом Филиппом фон Марциусом только до 1820 года от Рио-де-Жанейро по материковой части Бразилии до Гояса и Сан-Франсиску. Между 1819 и 1820 годом Спикс и Марциус прошли также Амазонку. Частично они расстались, чтобы как можно больше узнать о стране.
После своего возвращения Спикс написал произведение «Путешествие в Бразилию», которое продолжил Марциус и которое затем между 1823 и 1831 годом вышло в свет в 3 томах.
Из этой экспедиции Спикс и Марциус привезли в Германию коллекцию из 6500 растений, 2700 насекомых, 85 млекопитающих, 350 птиц, 150 амфибий и 116 рыб. Они составляют важную основу сегодняшней Государственной зоологической коллекции Мюнхена. Многочисленные этнографические экземпляры коллекции (танцевальные маски и тому подобное) находятся в музее этнографии в Мюнхене.
По причине своей ранней смерти в 1826 году Спикс не смог закончить научную обработку большей части своего материала. Так, например, Луис Агассис продолжил начатую Спиксом классификацию найденных им пресноводных рыб Бразилии и нашёл таким образом одну из своих самых важных исследуемых областей, ихтиологию. Насекомых обрабатывал Максимилиан Перти. Иоганн Георг Ваглер, ассистент Спикса, описал в своём произведении «Monographia Psittacorum» голубого ара и назвал вид в честь своего покойного учителя.