Вместе с другими учёными монахами вынужден был эмигрировать на континент из-за интенсивных норманнских вторжений. По приглашению реймского епископа Гинкмара принял участие в теологическом споре о божественном предопределении, результатом чего стал его трактат «О предопределении».
В середине IX в. Иоанн Скотт Эриугена был приглашён ко двору Карла II Лысого и занял руководящее положение в придворной школе. Здесь в конце 50-х гг. он перевёл на латынь и прокомментировал сочинения греческих христианских неоплатоников Псевдо-Ареопагита, Максима Исповедника и Григория Нисского. Увлечение Эриугены этими сочинениями было так сильно, что его собственные стихи наполнились реминисценциями из Псевдо-Ареопагита, в них встречаются строки, написанные по-гречески, вкрапливаются отдельные греческие слова в оригинальной орфографии или в латинской транскрипции. Огромное идейное влияние псевдо-Ареопагита сказалось в трактате Эриугены «О разделении природы».
Главный труд Иоанна Скотта Эриугены, в котором он изложил свою собственную философскую систему, — «О разделении природы» в пяти книгах (ок. 862—866). Тонкость, глубина, радикальность взглядов Иоанна Скотта Эриугены, изложенных в его сочинении, не были поняты современниками, и лишь много лет спустя, в 1050 это произведение было осуждено папой Львом IX как еретическое, а впоследствии, когда обнаружилось его опасное влияние, даже приговорено к сожжению папой Гонорием III в 1225 году (внесено в Индекс запрещённых книг в 1684 году).
Его называли «первым отцом схоластики», а также «Карлом Великим схоластической философии». Если Карл Великий в начале средних веков объединил светскую монархию и церковную иерархию, то Эриугена создал всеобъемлющую, единую систематическую философскую систему, которая разрабатывалась последующими поколениями.
Русские переводы:
Исследования: