В 1539 году принял лютеранство, с удержанием, однако, многих старых церемоний. Своей расточительностью, которую поощрял его финансовый агент еврей Липпольд, Иоахим привёл в расстройство финансы государства, но зато условиями о наследовании с герцогом Силезии (1537) и приобретением прав на Пруссию (1569) позаботился о будущем увеличении страны.
В 1542 году, во время турецкого похода, он командовал имперским войском в Венгрии; поход не принес ему ни славы, ни выгод.
В 1524 году Иоахим II Гектор женился на Магдалене Саксонской (1507—1534), дочери Георга Бородатого и Барбары Польской. Дети:
Овдовев, женился в 1535 году на Ядвиге Польской (1513—1573), дочери Сигизмунда I. Дети: