Родился в Калабрии (в то время входила в Королевство Сицилия), в местечке Челико возле Козенцы, в семье нотариуса по имени Мауро и его жены Геммы.
Около 1169 года совершил паломничество в Святую землю, где пережил духовный кризис и потерял интерес к мирской жизни. Вернувшись, несколько лет жил отшельником, затем странствовал и проповедовал, после чего поступил в аббатство цистерцианского ордена в Самбучине возле города Луцци в Калабрии, где занимался проповедью мирянам.
Около 1191 года основал в Калабрийских горах монастырь, ставший оплотом нового, более строгого течения внутри цистерцианского ордена — флоренсов (Florenses).
Основные труды — «Согласование Ветхого и Нового заветов» и «Комментарии к откровениям Иоанна Богослова». Иоахим Флорский разделил всю историю человечества на три периода:
Иоахим Флорский учил о наступлении Третьего Завета, связанного с господством монашества. Учение Иоахима было осуждено католическими Соборами.
По учению Иоахима Флорского, переход человечества к каждому периоду его истории связан с постепенным одухотворением его жизни в отношении к Богу. Существование католической церкви Иоахим Флорский относил ко второму периоду, в третьем же будет обновлённая церковь без недостатков прежней. С третьим периодом Иоахим Флорский связывал и установление тысячелетнего царства Божьего на земле. Это мнение Иоахима Флорского было осуждено церковью. Идеи Иоахима Флорского пользовались популярностью среди францисканских спиритуалов, апостольских братьев и ряда других движений, объявленных ересями.