Родился в семье священника. Окончил Астраханскую духовную семинарию (1888), Казанскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1892). Его духовным наставником во время учёбы был схиархимандрит Гавриил (Зырянов), затем причисленный к лику святых. В 1892—1893 — профессорский стипендиат Казанской духовной академии по кафедре калмыцкого языка. Магистр богословия (1898; тема диссертации: «Миссионер Высокопреосвященнейший Владимир, архиепископ Казанский и Свияжский: Исследование по истории развития миссионерства в России»). Почётный член Казанской и Московской духовных академий (1914).
С 1893 — и. д. доцента Казанской духовной академии. С 1898 — доцент Казанской духовной академии по кафедре калмыцкого языка. Преподавал историю миссии, этнографию монгольских племен и калмыцкий язык.
Несколько раз выезжал в командировки в калмыцких улусах Астраханской губернии для изучения языка, быта и религиозных верований калмыцкого народа. Также направлялся в Сибирь для изучения миссионерского дела и языка сибирских монголов. Публиковал статьи по миссионерским вопросам в журнале «Православный благовестник», совместно с учёным-калмыком М. В. Бадмаевым составил букварь для калмыцких улусных школ и первоначальный учебник русского языка для калмыков. Занимался переводом книг Священного Писания на калмыцкий язык.
7 июня 1902 был пострижен в монашество, с 8 июня 1902 — иеродиакон, с 9 июня 1902 — иеромонах. С 1905 — архимандрит.
В июне 1922 был арестован Полоцким губернским революционным трибуналом по делу о сопротивлении изъятию церковных ценностей. Тяжело заболел тифом, бредил, был принят властями за сумасшедшего. Содержался в психиатрической больнице, затем в калининской тюрьме. После освобождения был лишён возможности проживать в шести крупнейших городах. Страдал сердечным заболеванием, лечился в Кисловодске, откуда был выслан в 1925. Некоторое время жил на Новом Афоне, затем ему было разрешено вернуться в Кисловодск.
С 1926 — архиепископ Ставропольский. В 1927 — архиепископ Астраханский, однако не получил разрешения на приезд в Астрахань и оставался жить в Ставрополе.
В декабре 1927 Заместитель Патриаршего местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский) добился разрешения больному владыке Иннокентию приехать в Москву для лечения. Был помещён в клинику Первого московского медицинского института, где и скончался. Погребён на Даниловском кладбище Москвы.