Император Мэйдзи был сыном императора Комэй от фрейлины Накаяма Ёсико, дочери лорда Накаяма Тадаясу, «министра левой руки» из рода Фудзивара. Он был рождён за 8 месяцев до прибытия американских «чёрных кораблей» коммодора Перри в бухту Эдо и за 2 года до подписания сёгунатом Токугава первых неравноправных договоров с Пэрри. Будущий император, получивший при рождении имя Сати но мия (принц Сати), провёл большую часть детства в семействе Накаяма в Киото, в соответствии с обычаем доверять воспитание императорских детей знатным семействам.
Он был формально усыновлён Асако Нёго (позднее вдовствующая императрица Эйсё), главной супругой Императора Комэй 11 июля 1860 года. Тогда же он получил имя Муцухито и звание синно: (имперского принца, а следовательно, возможного наследника трона). Наследный принц Муцухито унаследовал хризантемовый трон 3 февраля 1867 года в возрасте пятнадцати лет. Позже этот год был объявлен первым годом эры Мэйдзи, что значит «просвещённое правление». Это положило начало традиции объявлять новую эру с восхождением на престол нового императора, который после смерти получал имя эры своего правления.
2 сентября 1867 года Император Мэйдзи женился на Харуко (28 мая 1849 — 19 апреля 1914), третьей дочери пэра Итиё Тадако, одно время занимавшего должность левого министра. Известная впоследствии как императрица Сёкен, она была первой императорской супругой за несколько сотен лет, получившей титул кого (буквально: императорская жена). Хотя она была первой японской императрицей, игравшей публичную роль, у неё не было детей. Император Мэйдзи имел пятнадцать детей от пяти фрейлин. Только пять из пятнадцати дожили до зрелых лет: принц, рождённый от леди Наруко (1855—1943), дочери Янагивара Мицунару, и четыре принцессы, рождённые от леди Сатико (1867—1947), старшей дочери графа Соно Мотосати. Это:
Император Мэйдзи был символическим лидером реставрации Мэйдзи, революции, во время которой было свергнуто правительство сёгуната Токугава, правившего Японией на протяжении 250 лет. После революции начался бурный процесс уничтожения феодализма и построения современного общества. Был организован парламент, хотя реальной властью он не обладал. Основные рычаги власти сосредоточились в руках тех даймё, которые были лидерами революции Мэйдзи. Япония, таким образом, управлялась олигархией, в которую входили крупные военные, политические и экономические деятели.
Многие японцы гордятся событиями периода Мэйдзи. За эти полвека страна стала ведущей державой в Тихоокеанском регионе, и значительной силой в мировом масштабе. С другой стороны, в эту эпоху начался японский милитаризм и колониальная экспансия, приведшая впоследствии к участию во Второй мировой войне на стороне стран Оси.
О роли самого императора в эпоху Мэйдзи идут споры. Вряд ли когда-нибудь выяснится достоверно, поддерживал ли он ведение китайско-японской войны (1894—1895) и русско-японской войны (1904—1905). Кое-что о его чувствах можно узнать из его стихотворений, в авторе которых, как кажется, можно увидеть пацифиста или, по крайней мере, человека, который хотел бы избежать войны.