Родился в Вади-Аш, его учителем был Ибн Баджа. Работал врачом в Гранаде и секретарём эмира Танжера Абу Саида. В преклонном возрасте Ибн Туфайль становится визирем при дворе Альмохадов и одновременно занимает должность лекаря при халифе Абу Якубе Юсуфе ал-Мансуре (1163—1184). Во дворце ал-Мансура Ибн Туфайль общался со многими знаменитыми учеными Андалусии. В 1169 году познакомился и подружился с Ибн Рушдом. В Европе был известен под латинизированным именем Abubacer.
Единственное произведение Ибн Туфайля, сохранившееся до наших дней, — это «Повесть о Хайе, сыне Якзана» (полное название — «Повесть о Хайе, сыне Якзана, касающаяся тайн восточной мудрости, извлеченных из зерён сущности высказываний главы философов Абу Али Ибн Сины имамом, знающим и совершенным философом Абу Бекром Ибн Туфейлем»). Герой романа вырастает на необитаемом острове, где он появился на свет, самозародившись в «первичной глине». Выкармливает его газель, потерявшая детеныша; подрастая, он научается подчинять себе окружающую природу и отвлёченно мыслить, самостоятельно добывая всю сумму философских знаний человечества и достигая в конце экстатического единения с божеством.
Это произведение, повествующее о восхождении человека и его мышления от чувственного восприятия к дискурсивному и интуитивному познанию единого сущего, пользовалось большой популярностью как в эпоху Средневековья, так и в Новое время.