Хуго Юнкерс родился 3 февраля 1859 года в прусском г. Рейдт (ныне часть Мёнхенгладбаха), Рейнская провинция. Он был третьим из семи сыновей в семье Генриха и Луизы Юнкерс. Генрих Юнкерс владел небольшой текстильной компанией, так что семья была достаточно обеспеченной. Мать Хуго умерла, когда ему было десять лет.
В 1867 году Хуго пошел в начальную школу г. Рейдт. В 1873 году его отец снова женился. В 1874 году Хуго окончил школу и в следующем году поступил в ремесленное училище в городе Бармен, которое окончил в 1878 году.
Хуго Юнкерс заложил фундамент фирмы Бош Термотехника, основав в 1895 году в городе Дессау фирму «Junkers and Co.» по производству газовых приборов (с 1992 года в Дессау существует технический музей Хуго Юнкерса).
Хуго Юнкерс стал профессором Аахенской высшей технической школы и получил патент на калорифер — прообраз современной газовой колонки. В 1895 году основал фабрику по производству газовых приборов в Дессау. К 1904 году фабрика выпускает уже 19 моделей приборов. К водонагревателям добавились охладители, а также вентиляционное оборудование.
Хуго Юнкерс получает патенты на различные способы обработки листового металла. В 1911 году Хуго Юнкерс становится лидером по количеству официально зарегистрированных патентов.
В 1915 году появляется первый цельнометаллический самолет разработки Юнкерса. Дальнейшие разработки моделей самолетов идут в направлении создания универсального самолета для перевозки грузов и пассажиров — воплощения мечты Юнкерса о том, что гражданская авиация позволит людям быстрее преодолевать расстояния, что улучшит контакты между нациями и снизит напряженность в мире. Первый серийный пассажирский самолет в мире — Ju 52. В 1925 году предприятие Junkers в союзе с компанией «Deutsche Aero Lloyd» организовало фирму «Lufthansa».