После казни Самуила его потребовали на суд сейма; в 1585 на основании письменных доказательств он был обвинен в государственной измене и присужден к бесчестию и вечному изгнанию. Баторий требовал его выдачи, но добился лишь приказа об изгнании его из австрийских владений. После смерти Стефана Зборовский, не ожидая разрешения, вернулся в Польшу и на сейме подавал голос за эрцгерцога Максимилиана. Потерпев здесь неудачу, он снова вернулся в Вену, где оставался и после того, как сейм 1591 освободил его от бесчестия.