Дебютировал в январе 1996 года.
В декабре 1997 года проиграл Виктору Бургосу.
В июле 1999 года Хорхе Арсе встретился с Майклом Карбахалом. Более опытный Карбахал переигрывал мексиканца. В середине 6-го раунда Карбахал прижал мексиканца к канатам и левым хуком пробил в челюсть Арсе, после чего тот упал. Он сразу же поднялся. Комментаторы назвали это падение флеш-нокдауном (легким нокдауном). Карбахал попытался добить противника, но Арсе успел восстановиться, и сам начал атаковать. В середине 11-го раунда Карбахал встречным правым крюком попал в челюсть Арсе, а затем ещё раз провел такой же удар. Арсе отбросило на канаты возле угла. Американец принялся его бомбить ударами. Арсе попытался клинчевать, но, не отпуская американца, упал. Рефери их разнял. Арсе зашатался и свалился спиной на канаты. Рефери прекратил бой. После этого боя Карбахал ушёл из бокса.
В июле 2002 года Хорхе Арсе встретился в Южной Корее с чемпионом в наилегчайшем весе по версии WBC местным боксером Чхве Ё Самом. Арсе доминировал с бою. В середине 6-го раунда Арсе провел левый хук в челюсть, затем правый, повторный правый и снова левый, затем ещё серию. Чхве на удары не отвечал, и рефери прекратил поединок. Кореец с решением не спорил.
В 2005 году Арсе поднялся на категорию выше.
В марте 2005 года Арсе в зрелищном бою нокаутировал Хуссейна Хуссейна.
В октябре 2005 года Асе повторно нокаутировал Хуссейна Хуссейна.
В апреле 2006 года Хосе Арсе вышел на ринг против никарагуанца Росендо Альвареса. Так как Альварес вышел на бой с перевесом в два килограмма, то титул стоял на кону только для мексиканца. Арсе доминировал в бою, выбрасывая большое количество ударов, однако точность была выше у Альвареса. В середине 6-го раунда Арсе провёл левый хук в печень, и никарагунец опустился на колено. Он не успел подняться на счёт 10, и рефери остановил бой. К концу боя у Голоты полностью закрылся правый глаз. Поединок проходил в рамках шоу, организованного телеканалом HBO, главным событием которого был бой Флойд Мейвезер — Заб Джуда.
В январе 2007 года состоялся отборочный бой за титул WBC во 2-м наилегчайшем весе между мексиканцем Хорхе Арсе и аргентинцем Хулио Дэвидом Роке Лером. Арсе доминировал в бою. В середине 11-го раунда Арсе пробил левый хук в челюсть противника. Лер был потрясён, но смог выстоять. По итогам 12-ти раундом судьи единогласным решением объявили победителем мексиканца.
В апреле 2007 года Арсе был перебоксирован Кристианом Михаресом.
В мае 2008 года в Мексике состоялся отборочный бой за титул WBC во 2-м наилегчайшем весе между мексиканцем Хорхе Арсе и таиландцем Дэвидом Лукмаханаком. В равном бою судьи решением большинства отдали победу мексиканцу. Решение было спорным.
В сентябре 2008 года Арсе вышел на ринг против панамца Рафаэля Консепсьона. В первой половине боя поединок проходил в равной борьбе, а во 2-й половине Арсе доминировал, превосходя противника в количестве ударов. К 9-му раунду бой стал односторонним. В перерыве между 9-м и 10-м раундами Консепсьон снялся боя.