Родился 8 декабря 1935 в Носсендорфе (Передняя Померания) в семье помещика. До 1947 живёт в деревне и затем переезжает в Росток. Благодаря Бенно Бессону еще будучи школьником получает разрешение Бертольта Брехта посетить Берлинский aнсамбль (Berliner Ensamble), в котором в 1952—1953 снимает на 8 мм первые фильмы, документы проб «Пунтилы» и «Матери», а также постановку «Фауста». В 1953 переезжает в ФРГ. В 1956—1962 изучает филологию и историю искусства; защищает в Мюнхенском университете диссертацию на тему «Абсурд в творчестве Фридриха Дюрренматта». В 1963—1966 работает внештатным сотрудником Баварского телевидения, снимает портреты Фрица Кортнера, Роми Шнайдер, а также эксцентричной семьи обедневших баварских аристократов Поччи и баварского «короля порно» Алоиза Бруммера. Третий аспект раннего творчества Зиберберга составляют два первых игровых фильма — «Скарабей — сколько земли человеку нужно?» (1968) и «Сан Доминго» (1970). Первый основан на рассказе Льва Толстого и представляет собой сюрреалистический фильм с шокирующими сценами насилия. Действие «Сан Доминго», навеянного мотивами одноименной новеллы Клейста, происходит в среде наркоманов, рокеров и революционно настроенных студентов.
Широкую известность Зибербергу приносит «немецкая трилогия» — барочно-театрализованные в духе Вагнера и вместе с тем брехтианские по обнажению приемов и прямому обращению к зрителю сюрреалистические фильмы «Людвиг — реквием по королю-девственнику» (1972, о Людвиге Баварском), «Карл Май» (1974, о любимом писателе Гитлера, авторе приключенческих романов из жизни американских индейцев) и семичасовая фреска «Гитлер — фильм из Германии» (1978, в США прокатывался Ф. Ф. Копполой под названием «Наш Гитлер»). В 1981 эту серию продолжает вольная экранизация вагнеровской оперы «Парсифаль».
Зиберберг живёт в родовом поместье в Носсендорфе, которое он выкупил в 2002 и восстановил вопреки сопротивлению местных властей.
Новаторский, неизменно радикальный в своих поисках кинематограф Зиберберга, пышно разворачивающий (и одновременно безжалостно выворачивающий наизнанку) центральные мифы и мифологизированные фигуры немецкой истории XIX—XX веков, привлек внимание философов, исследователей культуры, историков и теоретиков киноискусства за пределами Германии (Сьюзен Зонтаг, Жиль Делёз, Филипп Лаку-Лабарт, Серж Даней), но настороженно и даже враждебно воспринимался немецкой кинокритикой. Это привело к отчуждению Зиберберга от кино и спаду его творческой активности.
В мае — июне 2003 г. Центр Помпиду в Париже представил обширную выставку и ретроспективу его фильмов.
Зиберберг снимался в документальных лентах «Это фильм» (1981, реж. Вернер Бидерман, с Александром Клюге и др.), «Ночь режиссёров» (1995, реж. Эдгар Райц, вместе с Л. Рифеншталь, Ф. Шлёндорфом, В. Херцогом, В. Вендерсом, П.Лилиенталем и др.), «Истр» (2004, реж. Дейвид Берисон и Дэниэл Росс, с Ф. Лаку-Лабартом, Ж.-Л. Нанси, Б. Стиглером, о Мартине Хайдеггере).