Окончил университет в Марбурге в 1904 году. Профессор университетов в Инсбруке (с 1916 года) и Вене (с 1918 года) и Высшей технической школы Мюнхена (1921-1945). Покончил жизнь самоубийством 31 марта 1945 в Мюнхене после того, как его институт и работа были уничтожены в результате последних боёв Второй мировой войны.
Основные труды по химии пиррола и его производных. В 1927 году Фишер осуществил синтез порфирина, а затем синтезировал красящие вещества крови — гемин (1929) и желчи — билирубин (1931). Показал, что гемоглобин крови состоит из белка глобина и комплексного соединения железа — гемина. В 1940 году Фишер установил строение хлорофиллов а и b.
Нобелевская премия по химии (1930), дана за «за исследования по конструированию гемина и хлорофилла, особенно за синтез гемина (пигмента крови)».