Семья смогла существовать только благодаря помощи одной из благотворительных организаций, которая также способствовала поступлению Гвидо в Венский университет, который тот с успехом окончил.
Позднее Гвидо Адлер работал профессором теории и истории музыки в Венском университете.
В 1898 году Гвидо Адлер основал Институт музыковедения при Венском университете, который сам и возглавлял вплоть до 1927 года.
Помимо этого он стал одним из учредителей Международного общества музыковедения основанного в 1927 году. В 1930-е годы подвергся антисемитским нападкам, был исключён из Gesellschaft der Musikfreunde, лишён почётного членства в Staatstheater- und B?hnenakademie.
Гвидо Адлер скончался 15 февраля 1941 года в столице Австрии городе Вене. Его дочь, Мелани Каролина Адлер (Melanie Karoline Adler), была в 1942 году депортирована в Минск и убита 26 мая в концентрационном лагере Малый Тростенец.