Он известен, в частности, благодаря написанию значительных богословских трудов — Liber censuum Romanae ecclesiae и Ordo Romanus, в частности, являются одними из важнейших и надёжнейших источников по некоторым вопросам средневековой церковной жизни. Помимо них, Гонорий III известен как автор жизнеописания Григория VII и ряда гримуаров. Также дал развитие нищенствующим орденам, утвердив уставы Кармелитов и Францисканцев, а в булле Gratium omnium впервые официально назвал доминиканцев братьями-проповедниками.