Гейдар Наджаф оглы Гусейнов родился 3 апреля 1908 года в Эривани (ныне — Ереван). Окончил Азербайджанский Государственный Университет в 1931 году. В 1931—1932 — аспирант Азербайджанского государственного научно-исследовательского института. В 1936—1940 годах Г. Гусейнов был директором Института энциклопедии и словарей азербайджанского филиала Академии наук СССР. В 1939—1945 годах работал первым заместителем председателя президиума азербайджанского филиала Академии наук (АзФАН). В 1945—1950 — вице-президент АН Азербайджанской ССР. В 1943—1945 годах профессор Гейдар Гусейнов работал сначала заведующим кафедрой основ марксизма-ленинизма, а затем — завкафедрой философии в Азербайджанском государственном университете. Председатель Отделения общественных наук АН Азербайджанской ССР. Директор Института истории партии при ЦК КП Азербайджана (1945—1950).
Г. Н. Гусейнов в последние годы стал подвергаться политической травле, значительную роль в которой сыграл тогдашний глава республики М. Д. А. Багиров. Не выдержав гонений, учёный покончил с собой 15 августа 1950 года.
Г. Гусейнов внес значимый вклад в развитие исторической и философской науки. Он руководил созданием азербайджанской школы перевода. Он был одним из составителей и редакторов русско-азербайджанского и азербайджанско-русского словарей. Г. Гусейнов — автор исследований о Бахманьяре аль-Азербайджани, Низами Гянджеви, Физули, А. Бакиханове, Мирзе Кязым беке, М. Ф. Ахундове, Г. Зардаби и др.