После войны был арестован по подозрению в сотрудничестве с оккупантами, но вскоре отпущен. На собрании Общества Чешских врачей в Праге 9 июля 1945 года прочитал доклад «Катынские доказательства», который в апреле 1946 года был издан в виде брошюры.
Франтишек Гаек также известен тем, что засвидетельствовал смерть от самоубийства министра иностранных дел Чехословакии Яна Масарика и смерть от болезни легионера и военного деятеля генерал-майора Карла Лукаса (чеш. Karel Lukas). В настоящее время имеются версии, согласно которым они были убиты