Франсиско Руфете — воспитанник футбольной школы «Барселоны», за вторую команду которой он выступал в 1995-97 гг. Иногда Франсиско привлекался к тренировкам основной команды «сине-гранатовых», но за два года сыграл лишь один матч в Примере — против «Депортиво» (в последнем туре чемпионата Испании 1995/96).
Не пробившись в основной состав каталонцев, Руфете отправился сначала в аренду, в клуб Сегунды «Толедо», а потом был продан «Малаге» (июль 1998 г.). За два сезона Руфете стал заметной персоной в составе андалусийцев и заслужил вызов в сборную Испании, а также предложение о переходе от «Валенсии» — клуба, который в начале 2000-х вновь заявил о своих претензиях на ведущие позиции в испанском футболе.
С «Валенсией» Руфете выиграл почти всё, что можно выиграть, выступая в Испании — национальный чемпионат (2002 и 2004), Кубок УЕФА (2004), европейский Суперкубок (2004). В первый же сезон за «летучих мышей» Руфете завоевал место в стартовом составе; несмотря на то, что правый хавбек находился в тени своих партнёров по атаке — Висенте, Барахи и Аймара, — он вносил существенный вклад в игру и победы валенсийцев. В 27-м туре чемпионата Примеры-2003/04 дубль Руфете принёс «Валенсии» важную победу над «Сельтой», а через месяц он стал героем матча Кубка УЕФА «Валенсия» — «Бордо».
Летом 2006 г. Руфете в качестве свободного агента перебрался в барселонский «Эспаньол» и сходу чуть было не повторил одно из своих достижений — в финале Кубка УЕФА 2006/07 каталонцы по пенальти уступили «Севилье». Но в целом карьера Франсиско в новом клубе сложилась не очень удачно: травмы и конкуренция вынудили его большую часть времени проводить на скамейке запасных, да и уровень игры «Эспаньола» после впечатляющего успеха в Европе заметно снизился.
С 2009 г. Руфете является игроком клуба «Эркулес», с которым он подписал двухлетний контракт.
За сборную Испании Руфете провёл три матча, все в 2000 г. — два товарищеских и один официальный (отборочная игра чемпионата мира-2002 Испания — Австрия).