Перыми клубами Пако были «Кордова» и «Реал Мурсия». В 1992 году он впервые в своей карьере оказался в клубе Примеры — «Райо Вальекано», где провёл один сезон и сыграл во вснх 38 матчах, после чего был замечен скаутами одного из лидеров испанского футбола «Депортиво».
За галисийцев Хемес с переменным успехом выступал на протяжении 5 сезонов. За это время он по разу выигрывал Кубок и Суперкубок Испании.
В 1998 году Пако перешёл в «Сарагосу». За 6 лет, провёденном в этом клубе, Франсиско ещё 2 раза выигрывал Кубок Испании, а «Сарагоса» успела вылететь и вернуться в Примеру. В 2004 году, в возрасте 33 лет, он вернулся в «Райо Вальекано», где сыграл ещё 17 матчей.
Пако дебютировал в сборной Испании 23 сентября 1998 года в товарищеском матче с командой России.
На счету Хемеса 21 матч в составе сборной. Вместе с ней Франсиско выступал на чемпионате Европы 2000 года.
Хемес тработал трненром в таких клубах, как «Алькала», «Кордова» и «Картахена» (которую Пако вывел в Сегунду).
С 2010 года Франсиско работает в клубе Сегунды «Лас-Пальмас».
«Депортиво»
«Сарагоса»