Мать — итальянка, отец — немецкоязычный швейцарец. Училась в школах Швейцарии и Италии. С 1958 работала фотомоделью, в это же время начала писать. После публикации первой повести познакомилась и подружилась в Риме с Ингеборг Бахман. C 1968 живет в Милане. Жена писателя и издателя Роберто Калассо.
Переводила Марселя Швоба и Томаса Де Квинси. Автор эссе о Швобе, Де Квинси, Джоне Китсе, Роберте Вальзере.
Песни на стихи Флёр Йегги исполняют Франко Баттьято и Джуни Руссо.