Гонорий родился 9 сентября 384 года в Константинополе. Помимо брата Аркадия, у него была сестра Пульхерия, умершая ребёнком в 385 году. Его мать Элия Флацилла, первая жена Феодосия I, скончалась осенью 386 года. Уже в 386 году он был назначен консулом. В 389 году он вместе со своим отцом принимал участие в триумфе над узурпатором Максимом в Риме. 23 января 393 года Гонорий был провозглашён августом.
После смерти отца (395) в возрасте 11 лет Гонорий получил так называемую Западную империю, столицей которой сделался сначала Милан, а затем Равенна, тогда как брат его Аркадий вступил на престол Восточной империи со столицей в Константинополе. Первое время Гонорий управлял под регентством военачальника Стилихона, вандала по происхождению, на дочери которого Марии он женился в 398 году. Именно Стилихон к 399 г. вновь подчинил императору Запада африканские провинции, тяготевшие к Византии, отразил вторжение вестготов под предводительством Алариха в Грецию в 396 и в Италию в 403; в 406 полчища варваров, состоявшие из вандалов, свевов, бургундов и алан под предводительством Радагайса, были почти совершенно истреблены в битве при Фезулах, а сам Радагайс казнён у ворот Флоренции 23 августа 406. Однако для защиты Италии Стилихон был вынужден отозвать лучшие силы империи из Британии и Галлии. Оставшаяся и большая, чем направлявшаяся с Радагайсом в Италию, часть его армии, преодолев на границе сопротивление союзных империи франков, вторглась в беззащитную Галлию. Одновременно на севера Галлии высадились мятежные войска, остававшиеся в Британии, которые избрали своим предводителем простого солдата по имени Константин. Вскоре под власть узурпатора Константина попала и Римская Испания.
После падения и казни Стилихона 22 августа 408 г. готы под предводительством Алариха вновь вторглись в Италию. В том же году Аларих осадил Рим и принудил его заплатить тяжёлую дань, а 24 августа 410 года он завладел городом и отдал своим войскам на разграбление. Хотя Гонорий скрывался за неприступными стенами Равенны, он оставался императором фактически лишь номинально, в то время как его империя перешла под власть варваров и узурпатора. Однако после смерти Алариха его шурин и наследник Атаульф заключил мир с Гонорием, перешёл с вестготами Альпы и вторгся в Галлию. Здесь его преемник Валия основал Вестготское королевство, в то время еще входившее в империю на правах федеративного. Распад Западной империи был официально признан лишь после устранения императора Ромула Августула.
Гонорий, как и его отец Феодосий I, был убеждённым приверженцем никейского христианства; им был подписан ряд законов, писем и постановлений, регулировавших церковную жизнь на Западе. В 404 году он направил своему брату Аркадию письмо с резким осуждением опалы, которой подвергся Иоанн Златоуст. В 417 Гонорий издал закон, запрещавший пропаганду пелагианства. В 418 году император принял участие в урегулировании конфликта, связанного с избранием на римский престол одновременно двух пап — Евлалия и Бонифация I. Сохранилось двенадцать писем и речей императора на религиозные темы.
Гонорий, женатый последовательно на двух дочерях Стилихона, Марии (ум. ок. 407) и Ферманции (Терманции) (ум. 415), не имел детей. В 417 он выдал свою сестру Галлу Плацидию замуж за полководца Констанция, а в 421 последний был провозглашён соправителем (Констанций III), но умер в том же году. У Галлы и Констанция в 419 родился сын — будущий Валентиниан III. Гонорий умер в 423 в Равенне. Власть узурпировал его секретарь Иоанн, но через два года на престоле утвердился (с помощью восточноримских войск) племянник Гонория, малолетний Валентиниан III.
Гонорий, вероятно, более всего известен как тот император, который отменил гладиаторские бои (ок. 404 года). В некоторых западных месяцесловах Гонорий фигурирует как местночтимый святой (в день смерти, 15 августа).