Чемпион мира 2006 года, победитель Лиги чемпионов 2003 и 2007 годов, победитель клубного чемпионата мира 2007 года, в финале которого забил 2 гола. Единственный футболист, забивавший голы во всех турнирах УЕФА и ФИФА, открытых для европейских клубов.
Младший брат Филиппо Индзаги, Симоне — также бывший футболист.
В 1997 году, выступая за скромную «Аталанту», Индзаги забил 24 гола в Серии А и незамедлительно был куплен «Ювентусом».
В 1998 году во время матча «Динамо (Киев)» - «Ювентус» забил 3 из 4-х мячей в ворота киевского клуба. Матч закончился со счетом 1:4 в пользу «Ювентуса».
В 2001 году перешёл из «Ювентуса» в «Милан».
15 марта 2009 года «Милан» разгромил на выезде «Сиену» со счётом 5:1. Дубль на свой счёт записал нападающий Филиппо Индзаги. Его второй мяч в ворота тосканцев стал 300-м в профессиональной карьере Индзаги. Тем самым Индзаги стал четвёртым членом элитарного «клуба 300», в котором первые три строчки занимают Сильвио Пиола (364 мяча), Джузеппе Меацца (338) и Роберто Баджо (318).
19 мая 2011 года игрок продлил контракт с «Миланом» сроком до 30 июня 2012 года.
Статистика дана на 14 мая 2011