Филиппо Липпи-младший родился около 1457—1458 года в тосканском городе Прато, в семье художника Фра Филиппо Липпи и Лукреции Бути. Рано лишился отца, учился живописи у Фра Диаманте, развивался далее под влиянием Сандро Боттичелли и отцовских произведений.
Работал во Флоренции и некоторое время в Прато и Риме.
Умер во Флоренции 18 апреля 1504 года.
По характеру своего творчества Филиппино прямо примыкает к Боттичелли, но проявляет сравнительно с ним ещё более значительный талант, ещё большую смелость. Для его произведений характерен сильный драматизм в сочетании со свободой и виртуозностью в группировке фигур и рисунке их движений.
Изображаемые сцены он любит окружать архитектурными деталями с богатой орнаментировкой, составляющей плод усердного изучения им римских древностей. К числу ранних и отличнейших работ Липпи по части стенной живописи принадлежат фрески, которыми он довершил украшение капеллы Бранкаччи в церкви Санта-Мария-дель-Кармине, во Флоренции, начатое Мазолино и Мазаччо: «Изведение апостола Петра из темницы», «Воскрешение царского сына», «Апостолы Пётр и Павел пред проконсулом» и «Мученическая смерть апостола Петра».
Из более поздних произведений Липпи в том же роде замечательны фрески капеллы святого Фомы Аквинского в церкви Санта-Мария-сопра-Минерва, в Риме, а именно, огромная композиция «Торжество св. Фомы над еретиками» и меньшая «Взятие Богородицы на небо», наконец, фрески капеллы Строцци в флорентийской церкви Санта-Мария-Новелла, изображающие деяния апостолов Иоанна и Филиппа. Станковые картины Липпи не особенно многочисленны, хотя и встречаются в некоторых музеях и флорентийских церквах.
«Явление Богоматери св. Бернгарду», большой алтарный образ в церкви Бадиа во Флоренции и «Мадонна, с предстоящими ей святыми Иеронимом и Домиником» в Лондонской Национальной галерее.