Деген принял участие в Чемпионате мира 2006 года в составе сборной Швейцарии. В одной восьмой финала его команда встречалась со сборной Украины и уступила по пенальти.
20 мая 2008 года на официальном сайте «Ливерпуля» было сообщено, что Филипп Деген подпишет контракт с клубом 1 июля. Предполагаось, что Деген будет основным игроком на позиции правого фуллбека, на которой в составе «красных» до него выступал Стив Финнан. Однако высокая травматичность футболиста не позволила ему провести в первом сезоне в клубе ни одного матча в лиге.