После окончания карьеры Фернандо Патерностер работал тренером в Колумбии и Эквадоре, тренеруя такие команды, как «Мильонариос», «Америка Кали», «Атлетико Насьональ», «Эмелек» и другие. Тренировал Патерностер и сборную Колумбии в 1938 году.