Фернанду Кардозу родился 18 июня 1931 года в Ботафогу, одном из районов Рио-де-Жанейро, в семье потомственных военных. Изучал социологию в Университете Сан-Паулу, в 1952 году получил степень бакалавра общественных наук, позже — степень магистра и доктора социологии в том же университете. В 1953 году сочетался браком с Рут Корреа Лейте Кардозу (порт. Ruth Corr?a Leite Cardoso; ум. 24 июня 2008).
В 1960 году был переводчиком бразильского курса лекций Жана-Поля Сартра.
В годы военного режима некоторое время жил в Чили и во Франции. В 1968 году, будучи преподавателем в Университете Париж X — Нантер, активно участвовал в студенческом революционном движении.
С 1983 по 1992 год — сенатор от штата Сан-Паулу. С октября 1992 по май 1993 был министром иностранных дел, с мая 1993 по апрель 1994 — министром финансов при Итамаре Франку. В 1994 году победил в первом туре президентских выборов. Вступил в должность 1 января 1995 года, на протяжении двух президентских сроков вице-президентом был Марку Масиэл.