Гаго, который пришёл во взрослую команду клуба «Бока Хуниорс» из юношеской, дебютировал в основном составе 5 декабря 2004 года в игре с «Кильмесом», которая завершилась победой «Хуниорс» со счётом 1:0. Несмотря на молодой возраст, он быстро стал основным игроком полузащиты клуба, и его стали часто сравнивать с Фернандо Редондо. Его уверенная игра вызвала интерес к нему со стороны таких испанских клубов, как «Реал Мадрид» и «Барселона».
15 ноября 2006 года президент «Реала» Рамон Кальдерон одобрил подписание Гаго и его соотечественника Гонсало Игуаина. Контракт Гаго с «Реалом» был подписан 19 декабря 2006 года, сумма трансфера составила 20 400 000 евро.
Дебют Гаго в «Реале» состоялся 7 января 2007 года в матче испанской Примеры против «Депортиво». Реал победил в этой игре со счётом 2-0. После ряда ошибок, совершённых им на поле, Гаго был заменён в своём первом матче на Роналдо. Через неделю, в следующей с «Сарагосой», Гаго подтвердил свою значимость на футбольном поле. Его игра доставляла неудобства соперникам, он демонстрировал отличное ви?дение поля и обострял атаки своей команды. «Реал» обыграл «Сарагосу» со счётом 1:0 благодаря голу Руда Ван Нистелроя.
20 мая 2007 года в матче с «Рекреативо» при счёте 2:2 «Реал» вышел вперёд в счёте после голевой передачи Гаго на Роберто Карлоса и в итоге выиграл тот матч со счётом 3:2, что позволило ему догнать по очкам «Барселону», а затем и выиграть чемпионат.
31 августа 2011 года Гаго отправился в годичную аренду в итальянскую «Рому».
Гаго является олимпийским чемпионом игр в Пекине в составе сборной Аргентины. Постоянно вызывается в главную сборную страны.
27 июля 2011 года Фернандо женился на теннисистке Жиселе Дулко.