Воспитанник футбольной академии клуба «Рода» из города Керкраде. В 1993 году дебютировал в основном составе клуба «Фортуна» из Ситтарда, вышел вместе с клубом из первого дивизиона в высший. Следующим клубом в его карьере стал алкмарский «АЗ».
В 2000 году перешёл в шотландский «Рейнджерс» за 3,6 миллиона фунтов. Стал лучшим игроком клуба в сезоне 2004/05, в некоторых матчах выходил на поле с капитанской повязкой.
Летом 2006 года голландский тренер Дик Адвокат пригласил его в петербургский «Зенит». Первоначально Риксен был взят в аренду, а в ноябре 2006 года его трансфер был выкуплен. В конце лета 2009 года клуб расторг контракт с игроком. В интервью радио «Зенит» бывший партнер по «Зениту» и хороший друг Риксена Саболч Хусти сообщил, что Фернандо завершил карьеру и отдыхает от футбола.
Выступал за юношескую сборную Нидерландов (до 18 лет). В 2001 году дебютировал в составе национальной сборной Нидерландов в матче против Испании. Всего в 2001—2003 году провёл 12 матчей за сборную.
Фернандо известен своим буйным характером. В «Рейнджерс» у него была драка с Андреем Канчельскисом, а в «Зените» с Владиславом Радимовым.