Фернандиньо — выпускник юношеской академии «Паранаэнсе», в 2002 году стал лучшим молодым футболистом штата Парана. В следующем сезоне пробился в первую команду, а также помог сборной Бразилии выиграть чемпионат мира среди юношей (до 20 лет).
В 2004 году Фернандиньо забил девять голов и в составе «Паранаэнсе» стал серебряным призёром национального первенства. В 2005 году футболист помог клубу дойти до финала Кубка Либертадорес, после чего за 7,8 миллионов евро был продан в «Шахтёр», с которым подписал контракт на пять лет.
В «Шахтёре» дебютировал 30 июля 2005 года в матче с «Кривбассом» (1:0). Сыграл большую роль в победе горняков в национальном первенстве сезона 2005/06. Кроме того, Фернандиньо поразил ворота «Легии» в ответном матче третьего отборочного раунда Лиги чемпионов.
После скандального ухода Франселино Матузалема летом 2007 года стал одним из лидеров команды. Был признан лучшим игроком Чемпионата Украины сезона 2007—2008 гг., когда «Шахтер» оформил «золотой дубль», выиграв и национальное первенство, и Кубок страны. Большой вклад Фернандиньо сделал и в победу «Шахтера» в Кубке УЕФА в сезоне 2008—2009 гг. В еврокубковых матчах этого сезона Фернандиньо расписался в воротах соперника 6 раз, в том числе и в воротах киевского «Динамо» в первом полуфинальном матче Кубка УЕФА.
Данные на 25 мая 2011 года
В сборной Бразилии Фернандиньо дебютировал 10 августа 2011 года в товарищеском матче против Германии, завершившимся победой немцев со счетом 3:2. Фернандиньо вышел в стартовом составе и был заменен на 69-й минуте. В своём втором матче, 5 сентября 2011 года, Фернандиньо отдал голевой пас на Леандро Дамиао, Бразилия победила Гану 1:0.