Прославлен православной церковью в лике святителя. Память совершается (по юлианскому календарю) 5 (18) февраля, 9 (22) сентября (обретение и перенесение мощей).
Родился в начале 1630—х годов на Правобережной Украине (по административному делению ранее — в Подольской губернии; ныне это предположительно или в Литинском или в Хмельницком районе Винницкой области Украины). Происходил из древнего дворянского рода Полоницких-Углицких. Родителями его были иерей Никита и Мария. Имя, данное святителю Феодосию при крещении, осталось неизвестным.
Об отроческих и юношеских годах святителя сохранилось очень мало сведений. Известно только, что он был «кроткий и послушный».
Образование получил в Киево-Братской коллегии при Киевском Богоявленском монастыре. Конец сороковых годов XVII столетия был временем расцвета коллегии. Ректорами в то время были архимандрит Иннокентий (Гизель), а затем игумен Лазарь (Баранович), впоследствии архиепископ Черниговский. В числе наставников были такие просвещенные люди, как иеромонахи Епифаний (Славинецкий), Арсений (Сатановский), игумен Феодосий (Сафонович), игумен Мелетий (Дзик) и епископ Белорусский Феодосий (Баевский). Товарищами святителя по коллегии были будущие выдающиеся ученые и пастыри: Симеон Полоцкий, Иоанникий Голятовский, Антоний Радивилловский, Варлаам Ясинский.
Киево-Братская коллегия являлась в то время главным центром борьбы Православия против напора и нападок католического духовенства — иезуитов и униатов.
В годы обучения окончательно определилось призвание святого к иноческому подвигу. Свободное от занятий время он посвящал молитве, чтению Священного Писания.
Можно предположить, что святителю Феодосию не пришлось пройти полного курса коллегии, так как во время разорения Киева поляками коллегия на несколько лет прекратила свою деятельность.
Святитель на всю жизнь сохранил глубокую признательность воспитавшему его Киево-Братскому монастырю. В синодике Киево-Выдубицкого монастыря сделано следующее замечание о святом Феодосии: «Был он муж благоразумен и благотворящ Киевскому Братскому монастырю».
Историк Петров Н. И. предполагает, что после закрытия коллегии Феодосий отправился за границу, где, возможно, получил высшее образование.
По завершении образования будущий святитель принял монашество в Киево-Печерском монастыре и был назван Феодосием в честь преподобного Феодосия Печерского.
Выдающиеся способности и высокая духовная настроенность молодого инока были сразу отмечены митрополитом Киевским Дионисием (Балабаном), который поставил его архидиаконом Киево-Софийского собора, а затем назначил наместником митрополичьего кафедрального дома.
Однако святитель, «влекомый любовью к подвигам благочестия», испросил благословения на поселение в отдалённом Крупицком монастыре Черниговской епархии, возле Батурина, славившемся строгостью своего устава. Там он был посвящён в сан иеромонаха.
В 1662 году был назначен игуменом Корсунского монастыря в Каневском районе Киевской епархии.
В 1664 году святителя назначили настоятелем Киево-Выдубицкого монастыря. Усердием, энергией и настойчивостью Феодосию удалось привести Выдубицкий Михайловский монастырь, незадолго перед тем совершенно разорённый униатами, к должному благоустроению. Немало заботился игумен Феодосий о церковном благолепии. Он организовал в своём монастыре прекрасный хор, который славился не только в Малороссии, но и в Москве, куда святой Феодосий посылал своих певчих в 1685 году.
Заботясь о развитии иноческой жизни, будучи сам строгим подвижником, святитель основал вблизи обители, на острове Михайловщине, небольшой скит, где могли уединяться иноки для подвигов безмолвия. Наместником и строителем скита он назначил одного из самых строгих и ревностных иноков обители — иеромонаха Иова (Опалинского).
В те годы святителю Феодосию пришлось пережить тяжкое испытание: вместе с другими игуменами он был обвинён Мефодием (Филимоновым), епископом Мстиславским и Оршанским, в измене русскому правительству и в мнимой переписке с изменниками. 20 сентября 1668 года он был вызван давать объяснения по этому делу. Однако 17 ноября того же года клевета была обнаружена, и святитель вместе с другими был оправдан. Он получил милостивую грамоту царя Алексея Михайловича.
Вскоре на долю игумена Феодосия выпала новая неприятность — дело шло о спорных землях Выдубицкого монастыря. Феодосий ревностно отстаивал монастырские земли, за что попал под временное запрещение в священнослужении.
Особо оценил духовные дарования святителя Феодосия преосвященный Лазарь (Баранович) и приблизил его к себе, называя «овцой стада Христова, научившейся покорности».
Когда епископ Лазарь (Баранович) был назначен местоблюстителем Киевской митрополии, он назначил святителя Феодосия своим наместником в Киеве, а сам оставался в Чернигове. В качестве наместника местоблюстителя Киевской митрополии святитель принимал деятельное участие во многих церковных событиях. В 1685 году он участвовал с правом решающего голоса в избрании епископа Гедеона (Четвертинского) митрополитом Киевским и в том же году вместе с игуменом Георгиевского Переяславского монастыря Иеронимом (Дубиною), игуменом Переяславским, был послан в Москву с известием об этом избрании. В Москве оба представителя были приняты с почётом и уважением. Результатом этого посольства было воссоединение Киевской митрополии с Русской Православной Церковью.
В 1688 году игумен Феодосий был назначен архимандритом Черниговского Елецкого Успенского монастыря на место скончавшегося архимандрита Иоанникия (Голятовского). Там ему пришлось много потрудиться над благоустройством монастыря, ещё не оправившегося после опустошения иезуитами и доминиканцами, был весьма беден и неустроен. Благодаря уважению, которым святитель Феодосий пользовался среди населения, он сумел привлечь щедрые пожертвования в монастырь, и в течение двух лет обитель достигла благосостояния, вполне обеспечивающего её существование. Трудами святого Феодосия удалось достигнуть в продолжение двух-трех лет для Елецкой обители благосостояния, вполне обеспечивавшего её существование.
Назначение игуменом Елецкой обители состоялось главным образом по желанию преосвященного Лазаря (Барановича), для которого святитель Феодосий стал ближайшим помощником. Святитель Феодосий помогал владыке Лазарю во всех трудах по управлению и благоустроению епархии. Так, он участвовал в составлении Соборного ответа Московскому патриарху Иоакиму по поводу отношения Киевской митрополии к Флорентийскому Собору и поднятого на нем вопроса о времени пресуществления Святых Даров.
Когда же Патриарх не удовлетворился этими ответами и в Москву в начале 1689 года был послан Батуринский игумен святой Димитрий Ростовский, святой Феодосий ездил с ним в качестве представителя от Преосвященного Лазаря. Ему поручено было передать Патриарху ответное письмо и выяснить недоразумения.
В годы управления Елецкой обителью Феодосий несколько раз был представляем на различные духовные должности. После смерти митрополита Гедеона был представлен третьим кандидатом на кафедру Киевской митрополии. Когда же митрополитом Киевским стал Варлаам (Ясинский), архимандрит Киево-Печерского монастыря, Феодосий предназначался на место Печерского архимандрита.
В 1692 году, по предложению преосвященного Лазаря (Барановича), было назначено собрание, состоявшее из гетмана И. С. Мазепы, духовенства Малороссии и представителей народа, на котором единогласно был избран на Черниговскую кафедру архимандрит Феодосий.
27 июля 1692 года архимандрит Феодосий прибыл в Москву. После некоторых затруднений его наречение состоялось 9 сентября, а 11 сентября в присутствии государей Ивана и Петра Алексеевичей он был торжественно хиротонисан в Успенском соборе Московского Кремля во епископа Черниговского с возведением в сан архиепископа. Тогда же святитель Феодосий обратился к царям с просьбой о выдаче напрестольной грамоты, которая была вручена ему 28 сентября 1692 года. Архиепископу Феодосию было дано право совершать богослужение в саккосе, что принадлежало в то время исключительно патриарху и митрополитам. Черниговским же архиепископам это право давалось, так как их кафедра стояла первой между другими архиепископиями. После этого владыка Феодосий возвратился в Чернигов.
Святитель Феодосий исполнял обязанность архимандрита Елецкого монастыря и управлял всеми делами епархии, по-прежнему считаясь помощником архиепископа Лазаря. Видя, что преосвященный Лазарь уже очень стар и близок к смерти, святитель Феодосий постарался укрепить за собой право на вотчины Черниговской архиепископии. 17 мая 1693 года он получил из Москвы жалованную грамоту на эти вотчины.
В декабре 1693 года после смерти преосвященного Лазаря им была получена ставленая грамота на самостоятельное управление Черниговской епархией.
Святитель обратил особое внимание на пробуждение и поддержание духа истинно христианского благочестия среди своих пасомых. Для этого он заботился о сохранении старых и устроении новых монастырей и храмов. В 1694 году по его благословению была основана Печеницкая женская обитель и Любецкий скит в 2-х верстах от Любеча. В том же году он освятил в Домницком монастыре вновь сооруженный храм Рождества Пресвятой Богородицы. В 1695 году освятил величественный храм в честь Пресвятой Богородицы, построенный на вершине Болдинской горы, близ Ильинского монастыря.
Во время управления им Черниговской епархией замечался особый подъём и усиление иночества. Большое внимание святитель уделял духовенству, был строг и разборчив при выборе кандидатов на священнические места. Покровительствовал черниговским духовным школам, приглашая из Киева учёных монахов, среди которых был Иоанн (Максимович), будущий митрополит Тобольский и всея Сибири. Вскоре Иоанн (Максимович) стал деятельным помощником и преемником святителя Феодосия в устройстве духовных школ. Отличительными чертами святителя Феодосия были снисходительность, миролюбие, строгая справедливость, глубокое сострадание ко всем, обращавшимся к нему за помощью и советом, — не только православным, но и людям других исповеданий. «Он был подобен светильнику, освещавшему своим тихим светом всю Черниговскую епархию и всех согревавшему теплотою своего любвеобильного сердца».
Чувствуя приближение смерти и готовя себе преемника, святитель вызвал к себе наместника Брянского Свенского монастыря иеромонаха Иоанна (Максимовича), возвел его в сан архимандрита и назначил наместником Черниговского Елецкого монастыря.
Скончался святитель Феодосий 5 февраля 1696 года и был погребён в Черниговском Борисоглебском соборе, за правым клиросом, в особо сделанном для него склепе.
Святитель Иоанн (Максимович) построил над гробом святителя Феодосия кирпичный свод, на котором была сделана хвалебная надпись в стихах в благодарность за чудесное избавление от тяжкой болезни. Многочисленные чудеса у гроба святителя Феодосия утверждали у всех веру в святость почившего. Первоначально эти случаи благодатной помощи жили только в благодарной памяти народной. Лишь с 1835 года их начали записывать. Неоднократно поднимался вопрос о канонизации святителя Феодосия, но Святейший Синод не спешил с решением этого вопроса, и лишь в 1896 году, когда по поручению Синода было тщательно обследовано и проверено до пятидесяти случаев позднейших чудотворений, когда было установлено полное нетление тела Черниговского архипастыря, святитель Феодосий был торжественно причтён к лику святых.
Торжество открытия святых мощей совершил митрополит Киевский и Галицкий Иоанникий (Руднев) 9 сентября 1896 года в сослужении шести епископов, множества духовенства и при молитвенном соучастии верующего народа, который собрался в Чернигов со всех концов страны.
Память святителя Феодосия совершается дважды в год: 5 февраля (18 февраля по новому стилю)(день кончины) и 9 сентября (22 сентября по новому стилю)(день прославления).