Значительное число новых видов цветковых растений Сибири, Туркестана и других мест России описано им совместно с К. А. Мейером в каталогах семян Императорского ботанического сада (1835—1846).
Одною из важнейших заслуг Фишера являются весьма многочисленные опыты акклиматизации разных чужестранных растений.
В 1804 году Фишер окончил курс естественно-исторических наук в университете в Галле и защитил диссертацию «Specimen de vegetabilium imprimis felicum propagatione» на степень доктора медицины.
В 1806 году Фишер был приглашён управлять садом, принадлежавшим в то время бывшему министру народного просвещения графу Алексею Разумовскому в Горенках близ Москвы. Сад этот приобрёл, благодаря заботам о нём Фишера, европейскую известность. В Горенки приезжали на летнее вакационное время молодые специалисты по ботанике для усовершенствования в науке под руководством делавшего с ними экскурсии Фишера. Фишер руководил этим садом до 1822 года.
С 1812 года был также адъюнкт-профессором ботаники при Московском университете.
В 1823 году Аптекарский сад в Петербурге был преобразован в Императорский ботанический сад, и Фишер был назначен его директором (руководил Садом до 1850 года). Поддерживаемый монаршими щедротами и вниманием к этому учреждению, Фишер при своей неутомимой деятельности успел довести ботанический сад до такого цветущего состояния, какое только позволяли местные климатические условия.
С 1819 года Фишер был членом-корреспондентом Императорской Академии наук.
Управление садом в Горенках и Императорским ботаническим садом поглощали все силы и всё время Фишера, и число его печатных трудов сравнительно невелико.
В 1813 году сразу два рода растений были названы именем Ф. Б. фон Фишера: О. П. Декандоль дал название Фишерия (Fischeria DC.) растению из семейства Ластовнёвые (Asclepiadaceae), а К. Шпренгель назвал одного из представителей семейства Зонтичные (Apiaceae) фишерой (Fischera Spreng.). Однако, Шпренгель не удержал приоритета, и ныне это растение известно под другим названием — Platysace Bunge.